El testigo protegido que fue enviado al área Ixil para participar en las operaciones contra la guerrilla dice que el Estado Mayor del Ejército supo todo lo que ocurría en ese lugar y, que incluso, Benedicto Lucas García, quien ejerció como jefe de dicha división exhortaba no solo a combatir a la guerrilla sino a destruir todos los cultivos de la población, que se creía servirían para alimentar a las fuerzas guerrilleras. El Estado Mayor del Ejército también tuvo conocimiento de las masacres desde el inicio de la guerra hasta al final, según dijo el militar retirado.

Los militares fueron capturados por uno de los casos de desaparición forzada más grande de América Latina, luego de que se localizaran 565 osamentas en 14 exhumaciones realizadas en el Comando Regional de Entrenamiento de Operaciones de Mantenimiento de Paz (Creompaz) entre 2022 y 2015. La resolución de una sala que otorgó un amparo a uno de los militares anula todo lo actuado en este proceso y ordena poner en libertad a los militares, uno de ellos prófugo.