En las medidas de reparación digna para la familia Molina Theissen por la detención y violación contra Emma Guadalupe y la desaparición forzada de su hermano Marco Antonio Molina Theissen tras la sentencia contra cuatro altos mandos militares, se involucra a ocho instituciones de los tres poderes del Estado y dos instituciones autónomas como la Universidad de San Carlos de Guatemala y la Procuraduría de los Derechos Humanos (PDH).

Tal como anunció la familia el viernes 25 de mayo, tres días después de la sentencia, no pedirían reparación económica y así fue.  Entre las solicitudes de la familia que no fueron admitidas por el Tribunal de Mayor Riesgo C en la audiencia de reparación digna estuvo cambiar el nombre del Campo Marte por Campo Marco Antonio Molina Theissen; que los militares reintegraran al Estado US$690 mil que otorgó a la familia para cubrir los gastos del proceso ordenado por la Corte Interamericana de los Derechos Humanos (CorteIDH); y el Tribunal no admitió que la Fiscalía  continúe con la investigación para dar con todos responsables de la violación de Emma Guadalupe y la desaparición forzada de Marco Antonio. 

Entre las medidas de reparación admitidas por el Tribunal están:

• Al Congreso la creación del Registro Nacional de Víctimas de Desaparición Forzada y que se apruebe la iniciativa de Ley 3590;

• A la Universidad de San Carlos de Guatemala (Usac), por medio de las Facultades de Derechos y Humanidades y las Escuelas de Ciencias Políticas y Ciencias de la Comunicación, que produzcan un documental del caso Molina Theissen y que se difunda en medios de comunicación;

• A la Procuraduría de los Derechos Humanos (PDH), atender cualquier solicitud de sujetos procesales en caso que requieran medidas cautelares;

• A la Secretaría de Asuntos Indígenas del Organismo Judicial, traducir la sentencia al idioma maya que predomina en los departamentos de Quetzaltenango y Guatemala;

• Al Ministerio de Educación (Mineduc), que dentro de las becas existentes por lo menos una adopte el nombre de Marco Antonio Molina Theissen;

• Al Ministerio de la Defensa Nacional (Mindef), crear una orden de condecoración denominada “Molina Theissen” para miembros del ejército destacados en labores humanitarios y de derechos humanos;

• Al Ministerio de Gobernación, establecer una recompensa económica para las personas que proporcionen información sobre cementerios clandestinos de la guerra interna;

• Al presidente de la República, decretar el 6 de octubre como “Día Nacional de la Niñez Desaparecida”;

• Al Ministerio de Cultura y Deporte en coordinación con la Municipalidad de Quetzaltenango, crear un monumento conmemorativo para “Emma Guadalupe Molina Theissen” en la zona militar Manuel Lisandro Barillas. 

Cuatro de los cinco militares que fueron acusados recibieron una sentencia por tres delitos. Manuel Benedicto Lucas García, Manuel Francisco Callejas y Callejas y Hugo Ramiro Zaldaña Rojas, se les condenó por los delitos de deberes de la humanidad, violación con agravación de la pena y desaparición forzada, con una sentencia de 58 años inconmutables y a Francisco Gordillo Martínez se le condenó por los delitos deberes contra la humanidad y violación con agravación de la pena con una sentencia de 33 años de prisión inconmutable. La sentencia se emite después de 37 años de los hechos.